En 1905, Georges Fauquet, qui s’intéresse depuis longtemps à la protection légale des ouvriers, passe le concours d’inspecteur du Travail. Nommé à Niort, il visite les laiteries coopératives charentaises et poitevines. Il effectue également une mission en Martinique (1909-1912), où il publie un rapport à caractère médical et sociologique, "La population de la Martinique". Son expertise des questions relatives à la législation du travail lui vaut d’être nommé en 1912 au contrôle des assurances ouvrières et de la prévoyance.
Médecin militaire pendant les deux premières années de la guerre, il est ensuite détaché au ministère de l’Armement, dirigé par le socialiste Albert Thomas, pour renforcer l’apport des coopératives de consommation aux œuvres sociales du personnel des usines d’armement.
En 1919, Georges Fauquet est nommé en Alsace comme sous-directeur du Travail et des Assurances sociales, sous la direction de François Simiand, puis il est chargé de diriger les services de la coopération au Bureau international du travail, à Genève. Après avoir étudié l’activité des coopératives suisses, il fonde l’Union laitière de Genève, tout en suivant de près l’évolution de la coopération française. Signataire du Manifeste en faveur de la coopération, lancé par les universitaires en 1921, il est aussi, au cours des années 1920, membre du Conseil supérieur de la coopération, du Comité national de la Fédération nationale des coopératives de consommation (FNCC) et du Comité central de l’Alliance coopérative internationale (ACI). En 1929, il compte parmi les fondateurs de l’Office central de la coopération à l’école (OCCE) et, la même année, il participe au voyage coopératif organisé en URSS, sous la direction d’Ernest Poisson. En 1935-1936, Georges Fauquet siège au Conseil national économique, au titre de la coopération.
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