Si la mutualité belge a obtenu sa première réglementation en 1851, soit un an avant la mutualité française, celle-ci s'est avérée moins efficace que le décret bonapartiste de 1852 pour la modélisation des mutuelles, qui ont été peu à peu récupérées par les différentes familles idéologiques. C'est ainsi qu'une mutualité de tendance libérale est née au début des années 1860, suivie par la mutualité socialiste au cours de la décennie suivante, tandis que la mutualité catholique s'est épanouie à partir de 1885 sous des gouvernements qui lui étaient favorables. D'autres mutuelles ont choisi de rester neutres. Toutes offrent à peu près le même genre de prestations que leurs homologues françaises : couverture du risque maladie, des funérailles et secours divers. Dans les villes où elles sont implantées, les mutuelles socialistes sont reliées au réseau des coopératives de consommation et de production, ainsi qu'au Parti ouvrier belge.

A la fin du 19e siècle, sous l'influence de l'exemple allemand, le gouvernement belge se pose la question d'un système de protection sociale, obligatoire ou non : il opte finalement pour la "liberté subsidiée". Les lois de 1894 et 1898 fixent le nouveau cadre des organismes mutualistes, qui se développent rapidement grâce à l'octroi d'importantes subventions publiques. Toutefois, jusqu'en 1914, les subsides sont distribués de façon inégalitaire, car les gouvernements tendent à favoriser le groupe mutualiste appartenant à leur propre famille politique. A la veille de la Première Guerre mondiale, est relancé le débat sur l'assurance maladie obligatoire : dans cette perspective, les socialistes militent pour l'instauration d'une mutualité unique. Le projet de loi est finalement abandonné à cause de la guerre.

Après 1918, toutes les mutualités obtiennent la reconnaissance publique.
L'ensemble des catégories sociales s’est rallié aux différentes mutualités, qui se sont regroupées les unes après les autres en unions nationales : neutre (fondée en 1886, reconnue en 1908), chrétienne (1906), socialiste (1913), libérale (1914), et enfin une union dite "professionnelle", fondée par des employeurs, en 1928. Ces regroupements permettent la mise en place des nombreuses réalisations sociales qui caractérisent la mutualité belge : pharmacies, centres médicaux, caisses de réassurance, centres antituberculeux, ainsi que toutes les oeuvres consacrées à la prévention des maladies et des fléaux sociaux.