Depuis le premier congrès national des sociétés de secours mutuels, tenu à Lyon en 1883, jusqu’à aujourd’hui, les congrès, organisés généralement tous les trois ans, ont représenté souvent un moment fort de la vie mutualiste.
Le congrès de 1883 constitue une première manifestation de l’identité mutualiste nationale, la volonté de voir le mouvement peser plus activement dans la vie sociale du pays ; les congrès suivants (Marseille, 1886 et Paris, 1889) vont dans le même sens. Des questions aussi fondamentales que le rôle des mutualistes face aux milieux assurantiels (déjà !), la nécessité de définir des règles de gestion et de fonctionnement du mouvement plus strictes, la place des femmes en mutualité sont discutées lors des congrès suivants. Un premier congrès mutualiste international se tient à Paris en 1900, trois autres suivront en 1904, 1905 et 1911. Lors du congrès national tenu à Nantes en 1904, Léopold Mabilleau s’efforce de convaincre les mutualistes de la nécessité de coopérer avec l’État ; toutefois il faudra attendre 1923 pour que lors du congrès tenu, là encore à Lyon, les mutualistes admettent le principe de l’obligation.

L’organisation des congrès va de pair avec le renforcement des structures fédérales et départementales. A partir de 1925, les congrès nationaux qui, jusqu’alors étaient censés représenter l’ensemble des sociétés de secours mutuels, relèvent du seul ressort de la FNMF (ou Mutualité française), devenue porte-parole unique du mouvement. Obligatoirement choisis par les Unions et les groupements adhérant à la Fédération, les délégués aux congrès doivent avoir au moins trois ans d’ancienneté.

Expression la plus élevée de la vie démocratique du mouvement, les congrès continuent de scander fortement la vie de la Mutualité : décision de se moderniser en 1948 à Aix-les Bains ; reconnaissance de l’importance de la mutualité d’entreprise à Bordeaux en 1964 ; abandon de la notion de neutralité au profit de celle d’indépendance à Saint-Malo en 1967 ; réception, pour la première fois depuis 1913, du Président de la République, à nouveau à Bordeaux en mai 1982.