La conquête coloniale, amorcée en Algérie dans le premier tiers du XIXe siècle, connaît sa véritable expansion au cours de la IIIe République, sous l'impulsion de Jules Ferry, et ce pour trois raisons : patriotiques, afin de régénérer le sentiment national humilié par la défaite de 1870, économiques, en vue de trouver des débouchés à l'industrie, civilisatrices enfin, pour assurer la victoire du progrès fondé sur la science et la raison. Comme l'école, la pratique mutualiste apparaît alors un outil favorable pour gagner les populations colonisées. La libéralisation de la mutualité en 1898, favorise l'implantation mutualiste dans l'Empire colonial. Le temps est venu d'accroître le nombre des sociétés et d'établir des liens entre elles.

Lors d'une réunion tenue au siège de la FNMF, en 1904, un Comité central est constitué en vue d'organiser les premières assises de la mutualité coloniale.Trois congrès se tiendront ainsi en Algérie et en Tunisie, avant 1914. L'implantation durable de la présence française, commandant de donner une portée concrète à son ambition civilisatrice, il convient de transformer le sujet en citoyen. Dans cette perspective, "La réalisation d'une organisation mutualiste pour le risque maladie, contribuera à amener à nous par de nouveaux bienfaits, les populations indigènes, qui font déjà l'objet de toute la sollicitude des pouvoirs publics…", affirme le Ier congrès de la Mutualité coloniale, réuni à Alger et Tunis, en 1905. De 1902 à 1908, le nombre d'adhérents aurait progressé de 7 300 à 25 000 en Algérie.

Mais la mutualisation des populations colonisées ne dépassera cependant jamais un stade embryonnaire, la progression des sociétés et des adhérents provenant essentiellement de l'émigration métropolitaine. De plus, la direction des sociétés demeure réservée aux Français. Toutefois, si à terme, les dispositifs de protection sociale apparaissent plus développés dans l'Afrique francophone, comparativement à l'Afrique anglophone, cette lointaine imprégnation mutualiste n'y est certainement pas étrangère.