La Sécurité sociale, préconisée par le programme du Conseil national de la Résistance dans le sillage du mouvement universel en sa faveur, constitue un élément essentiel de la reconstruction de la France après la Libération.

Elle innove sur deux points fondamentaux par rapport aux Assurances sociales. Pour la première fois de l’histoire du pays est envisagée une couverture sociale de l’ensemble de sa population. Par ailleurs, le système repose sur le principe de sa gestion démocratique par les organisations syndicales, ce qui représente un bouleversement politique et sociologique, une rupture avec l’ensemble des systèmes de protection sociale antérieurs. Selon Pierre Laroque, jouant un rôle capital dans sa mise en place, la Sécurité sociale repose sur une politique de plein emploi, le droit à la santé pour tous et une plus juste répartition des revenus. En juin 1945, il présente les grandes lignes du projet, conçu comme un système unique et unifiant destiné à l’ensemble de la population.

Mais cette généralisation très vite est contestée par diverses catégories sociales, attachées inconditionnellement à leur régime particulier. Si les mutualistes adhèrent aux grandes lignes du projet, ils rejettent en revanche le principe de la caisse unique impliquant la suppression de leurs caisses d’affinité. L’étatisme, la bureaucratisation et plus généralement la disparition pure et simple des œuvres sont particulièrement redoutés. D’abord opposés à la réforme, ils s’orientent rapidement vers un compromis. En février 1947, avec la “ loi Morice ”, la Mutualité reconnaît formellement la Sécurité sociale ; en contrepartie, elle obtient le droit de gérer certains de ses organismes. Les grandes mutuelles de la fonction publique (MGEN, MGPTT), récemment créées, mettent à profit ce droit délégataire, grâce à la loi du 9 avril 1947. Lors de son XIXe congrès national (Aix-les-Bains, 1948), le premier de l’après-guerre, la Mutualité fait le choix définitif de s’adapter au nouveau système et de se moderniser. À partir de 1967, elle s’engage sans réserve en faveur de la Sécurité sociale, au point de s’ériger en rempart d’un système de protection sociale porté à son plus haut niveau possible.