L’instauration de la Sécurité sociale constitue un défi pour les mutualistes mais elle leur offre aussi des perspectives radicalement nouvelles. A la veille de la Seconde Guerre, plusieurs mutuelles enseignantes ont envisagé la création d’un système général de protection sociale pour l’ensemble des enseignants. L’idée est reprise à la Libération mais dans l’immédiat, les syndicalistes enseignants sont peu mobilisés par ces questions. Bientôt, tout change avec l’apparition de Marcel Rivière. Devenu l’un des responsables du Syndicat national des instituteurs (SNI), il fait adopter par ce dernier, en juillet 1946, un projet de création d’une mutuelle nationale, destinée à regrouper toutes les sociétés de secours mutuels enseignantes. Ces dernières ne sont en effet pas capables, en raison de leur taille encore souvent réduite, d’offrir des prestations suffisantes. Dans sa démarche, Marcel Rivière s’inspire de celle entreprise par Jack Senet, fondateur en août 1945 de la Mutuelle générale des PTT, qui travaille au regroupement de l’ensemble des sociétés mutualistes postales du pays.

Une telle démarche ne va pas de soi car elle remet en cause le particularisme, si présent encore au sein du monde mutualiste. Toutefois, elle finit par être admise. Formellement constituée le 8 décembre 1946 au Musée social à Paris, la toute jeune Mutuelle générale de l’Education nationale (MGEN) offre une particularité de taille puisque son conseil d’administration est composé, à parité de syndicalistes et de mutualistes. A peine mise sur pied, la MGEN est confrontée à une nouvelle question : dans le cadre de la Sécurité sociale qui se met alors en place, les enseignants doivent-ils être assujettis au régime général des fonctionnaires ou doivent-ils au contraire défendre des règles spécifiques à leur profession en matière de retraite, de congés maladie et de longue durée ? Très vite, la MGEN se fixe deux grandes missions : la gestion de la Sécurité sociale du personnel de l’Education nationale et le versement des prestations mutualistes. Les dirigeants de la MGEN entreprennent des négociations en ce sens avec le ministère du Travail.

Or, la MGEN bénéficie très vite de l’accord Morice. En ce début 1947, le gouvernement cherche à intégrer les agents de l’Etat dans le régime général de la Sécurité sociale : il se rallie donc à la proposition du député radical André Morice consistant à confier la couverture sociale de ces professions à leurs sociétés mutualistes. Cet accord est voté le 28 mars 1947 par l’Assemblée nationale unanime : il reconnaît aux mutuelles de fonctionnaires, et parmi elles la MGEN, la responsabilité des sections locales de la Sécurité sociale.
La MGEN est donc bien fille d’une des grandes réformes de la Libération. Elle est également le lieu d’une rencontre apaisée entre mutualistes et syndicalistes, ce qui est alors exceptionnel dans l’univers mutualiste. Dans les années qui suivent, la MGEN va se construire en une organisation véritablement nationale. De plus, avec les autres mutuelles de fonctionnaires, elle va largement contribuer au renouvellement du mouvement mutualiste dans les trois décennies suivantes