Le système social instauré au lendemain de la Seconde Guerre s'est affirmé relativement stable jusqu'à la fin du 20e siècle, en dépit de ses innombrables réformes. Les mutuelles de fonctionnaires ont connu au cours de cette période un développement de même nature dans le sillage de la Sécurité sociale. Elles n'avaient pas attendu, il est vrai, la fin du conflit mondial pour se mettre en ordre de bataille. Dés le 25 avril 1945, une Union nationale se constitue, à l'initiative du postier Jack Senet, regroupant 24 mutuelles, représentatives de 14 ministères et de 400 000 sociétaires.

Malgré l'indéniable crédit dont le nouveau pôle mutualiste bénéficie auprès des pouvoirs publics, cette relation est contrariée par les incertitudes du législateur. La question du régime social des fonctionnaires est laissée en suspens après le vote du statut de la fonction publique, en octobre 1946. Plusieurs options divisent le gouvernement : doit-on instituer un régime spécial ou intégré au régime général ? Quel type de gestionnaire, syndical ou mutualiste, faut-il choisir ?

La gestion syndicale semble rallier les suffrages dans un premier temps. C'est sans compter avec la dynamique mutualiste qui ne manque pas d'invoquer une compétence éprouvée et sa propension à favoriser les concessions mutuelles. La loi du 9 avril 1947, trop souvent confondue avec la loi Morice du 27 février précédente, consacre cette autorité de fait, en confiant aux mutuelles de fonctionnaires la gestion des prestations de protection sociale dans le cadre d'un système particulier intégré au régime général. Le compromis, qui implique de renoncer au régime spécial du type cheminot, doit beaucoup au ralliement de la Mutuelle générale de l’éducation nationale (MGEN), nouvellement créée, selon le témoignage du ministre du Travail, Ambroise Croizat. En élargissant son hommage à l'ensemble des mutuelles du champ, il ajoute :"Seules, par leurs structures et leur esprit, elles correspondent à ce que l'on peut attendre de la mutualité : le temps des petites cotisations étant désormais révolu, elles doivent voir grand, élargir sans cesse leur champ d'action".

Avec la légitimation de la fonction sociale des mutuelles de salariés de l'État, la classe politique unanime ne se réfère pas seulement à une longue tradition d'entraide. Elle marque sa reconnaissance d'une capacité d'innovation pour associer la solidarité collective et l'efficacité économique. Elles sont les premières à s'affranchir du principe séculaire "à cotisations égales, prestations égales", par l’adoption d’une cotisation calculée en pourcentage du traitement, plus conforme à l'esprit solidaire. La Mutualité Fonction publique n’a cessé de développer cette capacité d’adaptation face à l'évolution incessante des besoins de santé pendant la seconde moitié du 20e siècle, notamment par la mise en place d'un remarquable réseau de réalisations sanitaires et sociales.