La partition du pays, après la défaite de juin 1940, perturbe sérieusement la gestion des Assurances sociales. Un bureau spécial est créé à Lyon, sous la responsabilité d'Eugène André, vice-président fédéral, pour assurer une liaison administrative, sous le contrôle des autorités d'occupation, entre la zone occupée et la zone dite "libre". Le cadre juridique instauré en 1898 pour la mutualité et celui de 1930 pour la protection sociale restent en vigueur. Toutefois, les autorités précisent que la mutualité ne peut servir de refuge à certaines catégories de la population, nommément désignés par les mesures répressives : juifs, communistes et francs-maçons.

Le feu vert donné à l'activité des mutuelles ne lève pas toutes les préoccupations. Certains projets gouvernementaux sèment le trouble dans les rangs mutualistes. L'ordre des médecins, récemment créé, leur apparaît constituer un instrument corporatiste redoutable. Mais, l'inquiétude la plus vive se porte sur un projet de réforme des Assurances sociales d'inspiration étatique, qui se propose de substituer les caisses uniques départementales aux caisses d'affinité. Le retrait de la réforme redoutée est acquis à l'automne 1941. Le changement d'optique, après la mise à l'écart de son inspirateur René Belin, tient probablement compte également de la protestation mutualiste.

La coïncidence entre l'apaisement et la publication de la Charte du Travail, le 4 octobre 1941, ne semble pas fortuit. Certes, la parution d'une brochure fédérale, en février 1942, intitulée "La Mutualité et la Charte du Travail " peut s'interpréter comme un geste de realpolitik, pour sauver ce qui peut l'être. Mais, le poids des convergences doctrinales n'en reste pas moins sensible. La Fédération, fidèle au principe séculaire de neutralité sociale, adhère à l'idée que l'union nationale, dans les circonstances dramatiques traversées, commande de proscrire l'opposition entre classes sociales. Par conséquent, le texte fédéral adressé aux groupements constate que la Charte "est en complète harmonie avec la doctrine et l'action de la mutualité". L'exaltation par le gouvernement de Vichy de la mythologie corporatiste, chère à la tradition du mouvement, ne peut que favoriser la convergence.