La Charte du travail, présentée par le gouvernement de Vichy comme le moyen de résorber les antagonismes sociaux possède tous les attributs du leurre, tant elle paraît "… manifestement destinée à casser les reins du syndicalisme", selon la formule de l'historien américain, Robert O. Paxton. L'organisation corporative mise en place impose aux acteurs professionnels un devoir de collaboration réciproque. Le comité social, pivot de l'ensemble, a pour mission de "discipliner" ses adhérents. Le rôle stratégique dévolu à cette structure de base chartiste n'est pas sans inquiéter la Mutualité française pour l'avenir de ses propres groupements. D'autant que le projet de caisse unique, moribond, vit encore. Son adoption en Conseil des ministres au début de 1942 prolonge l'incertitude jusqu'au départ de René Belin, en avril de la même année.

L'abandon officiel de la réforme "étatique" des assurances sociales conforte la Fédération dans le choix, soutenu par la quasi totalité des unions départementales, d'une présence active dans un contexte qualifié généralement de " politique du moindre mal". L'Assemblée générale convoquée à Paris en septembre 1942, première réunion des administrateurs des deux zones, marque le point culminant de l'engagement chartiste. Romain Lavielle, affirme dans son rapport :"L'Assurance sociale contre la maladie allait être tuée sans le coup d'arrêt donné à Vichy en très haut et puissant lieu. Exprimons notre gratitude." Effet du soulagement succédant à l'anxiété, le secrétaire général manifeste un étrange optimisme quand il affirme : "Jamais peut-être, depuis 25 ans, nous n'avons eu d'aussi belles perspectives d'avenir. "

On ne peut, pour autant, assimiler cet enthousiasme irrationnel à la politique de collaboration entreprise par la "Révolution nationale". L'action des mutuelles, pour l'essentiel au service des Assurances sociales, s'affirme indispensable pour offrir un minimum de protection aux plus démunis. Parfois même, sous le couvert de leurs responsabilités sociales, des mutualistes de terrain mènent des activités de résistance, notamment chez les agents de l'Etat et les enseignants. Au surplus, les instances fédérales se recentrent sur la vie institutionnelle du mouvement, en même temps que le mirage d'un avenir radieux se dissipe. La réunification réalisée, le 12 décembre 1942, entre les deux structures mutualistes concurrentes dans le domaine de la chirurgie, au sein d'une Fédération nationale des caisses chirurgicales (FNCC), marque le retour à un réalisme prudent, comme référence majeure jusqu'à la fin de la guerre.