Par fidélité à ses missions solidaires, la Mutualité prend des distances au fur et à mesure que le dispositif chartiste révèle son imposture. La fin de la pseudo zone libre après le débarquement allié en Afrique du Nord et la défaite de Stalingrad lèvent les derniers doutes sur l'issue du conflit mondial. La deuxième assemblée générale de la Fédération coïncide d'ailleurs avec la Libération de la Corse, en octobre 1943. Le temps est venu pour elle de se consacrer pleinement à sa fonction sociale et de préparer son avenir d'après-guerre. Dans l'immédiat, la préoccupation des administrateurs se porte essentiellement sur les difficultés quotidiennes qu'éprouvent les mutuelles, notamment pour approvisionner les cliniques, les pharmacies et les cabinets dentaires.

Certains groupements enregistrent, paradoxalement, une progression sensible. C'est le cas des caisses chirurgicales, dont on souligne "le développement étonnant", d'un à deux millions d'adhérents. La mutualité d'entreprise et professionnelle fait mieux encore, en représentant 60% des mutuelles créées au cours de la période. La palme revient à la mutualité des fonctionnaires qui jette alors les bases de sa future prééminence. L'absence de toute référence à la Charte du travail au cours de l'assemblée générale de 1943, marque la volonté de renouer avec le pragmatisme qui a, tant de fois, permis aux mutualistes de surmonter les périls au cours de leur histoire.

Si, l'agrément donné à la Charte du Travail n'apaise certainement pas les relations discordantes entretenues de longue date entre mutualité et syndicalisme, cet épisode ne semble pas avoir influencé les décisions adoptées concernant son rôle dans le nouveau régime social mis en place à la Libération. Les positions adoptées pendant la période écoulée ne sont, d'ailleurs, jamais évoquées dans la presse et les débats parlementaires. L'ordonnance du 12 novembre 1944, relative à l'épuration des organismes sociaux ne concerne que très rarement des administrateurs mutualistes. Pour Romain Lavielle, rapporteur de la première assemblée générale de l'après-guerre, il ne fait aucun doute que "La Mutualité, appliquant le proverbe qui veut que la fin justifie les moyens, a donc eu raison de composer pour sauver ses œuvres." La page des griefs se tourne d’autant plus rapidement que la réflexion inquiète des délégués se porte sur le projet de Sécurité sociale préparé par le gouvernement du général De Gaulle.

Ci-dessous le général De Gaulle, le général Leclerc et Alexandre Parodi, futur ministre du Travail et de la Sécurité Sociale descendant les Champs-Elysées, le 25 août 1944. A la gauche du Général De Gaulle, Georges Bidault, Président du Conseil national de la résistance.