Moments de crise totale pour la Mutualité comme pour l'ensemble de la société française, les deux guerres mondiales ont eu d'importantes conséquences pour les mutualistes mais selon des modalités très différentes. Ces différences apparaissent dès le début des conflits : immédiate en 1914, la guerre attend au contraire huit mois après septembre 1939 pour éclater véritablement en mai 1940. Ce délai permet à la Mutualité de s'organiser bien davantage qu'elle n'a pu le faire un quart de siècle plus tôt. De plus, en 1940, l'organisation de la Fédération nationale de la mutualité française (FNMF) est bien supérieure qu'un demi siècle plus tôt, ce qui lui permet de prendre différentes mesures pour que la vie mutualiste continue à fonctionner à peu près normalement. Avec la défaite, la Mutualité doit faire face à des problèmes entièrement nouveaux qui ne se sont pas posés en 1914-1918.

La France est maintenant un pays partiellement occupé puis entièrement occupé à partir de 1942. Elle est divisée depuis 1940 en deux zones — Nord et Sud— ce qui entraîne des difficultés considérables dans l'activité mutualiste quotidienne. Certes, à la différence de la Grande Guerre, les mutualistes peuvent s'appuyer sur le réseau des caisses d'Assurances sociales pour soulager les misères les plus criantes : bénéficiant de ces structures para-étatiques, ils peuvent davantage poursuivre leurs activités qu'en 1914-1918. Mais les responsables mutualistes sont aussi confrontés à des problèmes entièrement inédits pour lesquels la majorité d'entre eux, généralement fort âgés, sont bien peu préparés : ces problèmes s'intitulent occupation du pays par les nazis, Résistance, répression contre les juifs, les libre penseurs, les franc maçons, les syndicalistes et une partie importante du personnel politique. Même si les mutualistes se sont jusqu'alors le plus souvent gardés d'intervenir directement dans le champ politique, une telle situation ne peut que les troubler profondément. Enfin et là encore, contrairement à la Grande Guerre, les mutualistes craignent jusqu'en 1943 que l'Etat n'étatise davantage la protection sociale, en réorganisant les Assurances sociales sur la base de leur mise à l'écart ou du moins de leur relative marginalisation. Cette crainte est renforcée par le grand projet social de Vichy, la Charte du travail instaurée en octobre 1941. Il n'y a eu aucun équivalent à la Charte durant la Grande Guerre. C'est pourquoi et là encore à la différence du premier conflit mondial, la FNMF intervient de façon directe dans le champ du politique en soutenant la Charte du travail, et ce jusqu'en 1943.

On mesure aujourd'hui combien il s'agit là d'une erreur politique et d'un faux pas des mutualistes. Toutefois, ils ne le paient pas trop cher puisqu'à la Libération, personne, à commencer par les syndicalistes, leurs rivaux de longue date, ne vient leur reprocher. Soulignons enfin un dernier élément de comparaison entre les deux guerres mondiales. Toutes deux ont entraîné en France la mise en place d'un système de protection sociale plus élaboré : les Assurances sociales en 1930, la Sécurité sociale en 1945. Mais ces deux grandes différences qui concernent toutes deux la Mutualité au premier chef ont été sensiblement différentes dans leur mise en oeuvre, leur philosophie et leur fonctionnement.