La fiction juridique, issue de la loi de 1898, imposant à la Fédération nationale de ne regrouper que des sociétés adhérentes aux unions prend fin avec l’Ordonnance de 1945 : la FNMF peut désormais rassembler directement toutes les unions existantes. Le nouveau droit consacre l’autorité de l’institution fédérale auprès des pouvoirs publics En 1948, le XIXème congrès (Aix-les-Bains) entérine ce statut de “ superstructure ” en publiant la liste des 81 Unions départementales et 17 Unions nationales adhérentes à la Fédération. Si elle est seule à pouvoir parler au nom de la Mutualité, elle n’entend pas pour autant se substituer aux multiples souverainetés qui la constituent.

De fait, ce congrès enregistre l’émergence de nouvelles familles mutualistes : les sociétés à but spécial, notamment les caisses chirurgicales, les sociétés d’entreprise et les mutuelles de fonctionnaires qui se sont dotées depuis mai 1945 d’une fédération nationale, la FNMFAE. En 1957, le mouvement des caisses chirurgicales remplace, en dépit de fortes réticences, le titre d’Union nationale des caisses chirurgicales mutualistes (UNCCM) par celui de Fédération, pour mieux manifester sa volonté d’insertion dans l’espace fédéral.

A l’aube de la décennie suivante, la vie nationale du mouvement mutualiste est marquée par deux évènements importants. Alors que le XXIIIème congrès de La Baule (juin 1960) confirme pleinement la fonction de clé de voûte de la FNMF, on enregistre la naissance de la Fédération nationale des mutuelles ouvrières (FNMO) à l’initiative de militants et d’organisations de la CGT. A la fin des “ sixties ”, la FNMF affirme de plus en plus nettement son rôle d’animation et de représentation de l’ensemble du mouvement. Le principe de neutralité, récusé dans la pratique depuis le début de la décennie, disparaît de la doctrine mutualiste pour faire la place à la notion d’indépendance qui “ n’exclut nullement une liaison et une collaboration avec d’autres institutions qui représentent des affinités d’objectif ou d’esprit ”.