La création de la FNMF s’inscrit dans le sillage de la Charte de la mutualité qui, votée en 1898, favorise la diversification de l’intervention mutualiste dans tous les domaines. Le contrôle administratif exercé sur les sociétés approuvées est consacré à la surveillance des règles de gestion : son caractère technique devient prépondérant sur la dimension politique. Les groupements sont autorisés à créer des Unions, ce qui permet de mettre sur pied des œuvres sanitaires et sociales, des dispensaires et des pharmacies.

Dès lors, la Mutualité qui se développe tous azimut (900 000 adhérents à la mutualité scolaire en 1914, mutualité maternelle, militaire, coloniale, etc.) multiplie centres de soins, pharmacies mutualistes, cabinets dentaires et maisons de retraite. Jusqu’à la Première Guerre mondiale, 16 pharmacies voient le jour, dont 3 à Marseille et 2 à Lyon ; les premiers dispensaires sont ouverts à Nantes, Angers, Bordeaux et Montauban. En 1904, les sociétés d’instituteurs fondent le sanatorium de Sainte-Feyre dans la Creuse. Des fédérations professionnelles ou d’industrie construisent leurs propres œuvres.
Le début des années 1920 voit l’entrée en force des anciens combattants, bientôt au nombre de 400 000 en Mutualité. La loi de 1923 les encourage à constituer leurs caisses pour constituer leur retraite, avec l’aide de l’Etat.

En 1937, la Mutualité, très présente dans les Assurances sociales, gère 80 pharmacies mutualistes, plus de 200 cabinets dentaires, des camps de vacances et des préventorium, notamment celui de Kerpape dans le Morbihan. Une quarantaine de mutualités maternelles réunissent 150 000 femmes. La Mutualité dirige des orphelinats, tel que l’Orphelinat des mutualistes français. A travers 8 grandes sociétés, la Mutualité anime des œuvres sociales de toutes sortes dans les PTT où 145 000 agents sur 160 000 sont alors inscrits à une mutuelle ; la Mutualité est également bien représentée au sein de la corporation des cheminots.