En 1945, la Mutualité française exprime, simultanément, son rejet de deux principes fondateurs de la réforme de la protection sociale : la caisse départementale unique et la couverture généralisée à tous les risques et à toutes les personnes. Elle affirme néanmoins sa volonté d'être présente dans les nouvelles institutions. Cette perspective s’ouvre après la signature d’un accord entre la FNMF et la Fédération nationale des organismes de Sécurité sociale (FNOSS), transcrit sur le plan parlementaire sous le nom de loi Morice, en février 1947. La faculté reconnue aux sociétés de constituer des sections locales du régime légal demeurera pour l’essentiel théorique, hormis chez les fonctionnaires, mais les mutualistes obtiennent une satisfaction importante : l’abrogation des dispositions autorisant les caisses à intervenir dans l’assurance complémentaire maladie.

En 1960, le XXIIIème congrès de La Baule se félicite des effets positifs résultant pour la Mutualité de la législation de 1945. Le thème du congrès : “ Le perfectionnement de la protection sociale : le devoir de la Mutualité ” témoigne de l’évolution importante de la doctrine mutualiste sur la question de l’obligation. La longue phase d’une relation perçue comme nécessairement antagonique entre les institutions de prévoyance volontaires et obligatoires s’achève.

Au cours des années 1960, les relations de la Mutualité avec les pouvoirs publics ne cessent de se dégrader. Ces derniers, estimant que l’intervention des sociétés favorise l’inflation des dépenses de santé, multiplient les mesures discriminatoires visant à interdire notamment le tiers payant mutualiste. Avec la réforme Jeanneney de 1967, marquée par la suppression des élections des administrateurs des caisses et l’augmentation du Ticket modérateur, les mutualistes considèrent désormais que leur avenir passe par une défense critique de la Sécurité sociale.