Les premières formes d’organisation départementale de la mutualité apparaissent à la fin du XIXe siècle : 45 départements sont représentés lors du 3e congrès national de la mutualité (1889), mais seuls quelques uns d’entre eux, tels que le Rhône, les Bouches-du-Rhône la Gironde et la Seine-Inférieure, disposent véritablement d’une structure départementale.

La création de la FNMF donne une forte impulsion au développement des unions départementales puisqu’elles passent de 30 en 1902 à 54 en 1904. Toutefois, ces Unions ne regroupent que le quart de l’ensemble des forces mutualistes du pays : en 1914, l’unification des composantes de la mutualité reste à faire. De plus, beaucoup de ces Unions n’existent que sur le papier. La Première Guerre mondiale révèle la grande fragilité d’une partie d’entre elles.

A partir de 1918, il faut réparer les blessures résultant de la guerre. De nouveaux efforts d’organisation sont faits dans les départements où les sociétés de base sont tenues d’adhérer à l’Union départementale ; des services techniques sont aussi peu à peu mis en place. Les congrès nationaux, jusqu’alors censés représenter jusqu’alors l’ensemble des sociétés de base, relèvent maintenant du seul ressort de la FNMF ; les délégués aux congrès, qui doivent avoir trois ans d’ancienneté, sont obligatoirement choisis par les Unions et les groupements adhérant à la Fédération. Elles sont au nombre de 66 en 1924 soit 73 % des départements.

La nécessaire adaptation aux Assurances sociales demande un renforcement de ces efforts pour donner à la mutualité les moyens nécessaires à la gestion du nouveau système. On procède alors à la consolidation du groupement départemental par le renforcement de son unité et à la suppression de certaines structures régionales devenues inutiles.