Le barrage contre la liberté d'association au XIXe siècle s'affirme plus obstiné encore à l'égard du droit de constituer des unions. La tolérance relative accordée aux sociétés sous le Second Empire est strictement conditionnée au maintien de leur isolement.

Les premières Unions départementales commencent à se former dans les années 1880, peu avant que la Charte de la mutualité assure, en 1898, la liberté de se regrouper aux sociétés. Saluée comme l'une des dispositions les plus importantes de la loi, cette reconnaissance demeure pourtant timide et imprécise. L'Union départementale n’est pas citée comme forme supérieure possible de groupement. Il faut attendre un demi-siècle pour que le terme apparaisse dans l'Ordonnance du 19 octobre 1945, portant statut de la Mutualité.

La toute jeune FNMF a le mérite de poser, dès sa constitution (1902), la règle réservant le nom d'"Union" au groupement ayant pour base le département. La doctrine mutualiste relative à ce type d'association de second degré sera progressivement élaborée par le mouvement lui-même. Principal lien entre la base et le sommet, l'Union départementale ne s'inscrit pas dans une relation hiérarchique, l'autonomie demeurant la règle intangible à chaque niveau. Au fil du temps, quatre grandes fonctions s'affirmeront, notamment lors des congrès nationaux :
-l'épanouissement de la mission fédérative initiale tendant à faire de l’Union le pivot de l'unité mutualiste dans le département .
-le vecteur d'une politique départementale adaptant avec souplesse les orientations nationales.
- la coordination de la vie mutualiste pour les actions de formation, d'information, etc.
-enfin, la mise à disposition de services et de réalisations sanitaires et sociales.
Cette dernière fonction, souvent considérée comme la plus importante, implique que l'Union soit davantage un complément des sociétés de bases que leur substitut.